El diagnóstico se puede hacer con métodos parasitológicos directos en los cuales se observa el parásito en sangre o por métodos inmunológicos indirectos que detectan anticuerpos específicos. Sin embargo, en la práctica, sólo es posible detectar eficientemente la forma circulante de T. cruzi durante la fase aguda de la infección es decir, entre 15 a 45 días post infección, cuando la parasitemia es muy alta, por esta razón en este periodo de tiempo el diagnóstico se realizaría con un simple exámen directo de sangre. En etapas posteriores, como la fase crónica, la parasitemia en general es baja, intermitente o nula, por lo que el diagnóstico de la infección en esta fase se basa, fundamentalmente, en la determinación de anticuerpos específicos contra antígenos de T. cruzi.
